農業生產是一個開放的系統。根據來源不同，影響農產品質量安全的危害因素主要包括農業種養過程可能產生的危害、農產品保鮮包裝貯運過程可能產生的危害、農產品自身的生長發育過程中產生的危害、農業生產中新技術應用帶來的潛在危害4 個方面。
（1）農業種養過程可能產生的危害。包括因投入品不合理使用或非法使用造成的農藥、獸藥、硝酸鹽、生長調節劑、添加劑等有毒有害殘留物，產地環境帶來的鉛、鎘、汞、砷等重金屬元素，石油烴、多環芳烴、氟化物等有機污染物，以及六六六、滴滴涕等持久性有機污染物。
（2）農產品保鮮包裝貯運過程可能產生的危害。包括貯存過程中不合理或非法使用的保鮮劑、催熟劑和包裝運輸材料中有害化學物等產生的污染。
（3）農產品自身的生長發育過程中產生的危害，如黃曲霉毒素、沙門氏菌、禽流感病毒等。
（4）農業生產中新技術應用帶來的潛在危害。如外來物種侵入、非法轉基因品種等。