整體性原則 農業生態系統是受人工控制的自然、經濟、社會的復合系統，制定規劃時要以生態學原理和經濟規律為指導，用系統、整體觀念，進行全面規劃，做好總體布局。合理安排，統籌兼顧，協調農業內外各部門之間的關系，發揮系統的整體功能，實現生態、經濟、社會三大效益的同步增長。
資源開發、利用和保護相結合原則 對資源不僅要合理利用，還要積極的保護，對可更新資源合理利用與增殖，對不可更新資源合理利用與保護，只有這樣，方不致于對資源的開發利用消耗超過資源再生速度，使資源得到永續利用。
因地制宜的原則 農業生態系統的生態環境具有多樣性和地域差異性，各地區的農業生態設計和配套技術，生態農業的建設不可能是相同的，必須根據當地具體生態環境特點、自然條件和社會經濟條件，選擇農民群眾關心、見效快的項目。揚長避短，發揮地區優勢，制定規劃，發展適合當地特點的類型和模式。
多業結合、集約經營原則 生態農業必須是多業結合，包括農業內部的橫向聯系和農業外部的橫向聯系，實行集約經營，揚長避短，發揮優勢。